Habitualmente si trabajamos con Laravel la confgiuración de la conexión con la base de datos la realizamos en el .env helper.
Utilizar el mismo método en lumen puede provocar errores por lo que es recomendable configurarlo desde config/database.php
Hace unos días me ocurrió en error que consistía en que si realizaba una llamada restful desde Postman me utilizaba una base de datos, y la misma llamada desde Laravel me utilizaba otrta base de datos. Configurando en config/database se solucionó el problema.